日本でいつからもやしが食べられるようになったのか、はっきりした歴史は不明です。平安時代の日本最古の薬物辞典「本草和名」に、「末女乃毛也之（まめもやし）」という記述があり、江戸時代初期の「和漢三才図会」にも、腫れや膝の痛み、筋のひきつりを治すと記されており、薬として珍重していたことがうかがえます。

江戸時代初期の北国の温泉地で、「小八豆（こはちまめ）」という在来種の大豆を原料とする長さ30cmほどの、温泉もやしが栽培され、領主に献上されていたといわれます。食用として栽培されるようになったのは、江戸時代後期の1850年頃、長崎に漂着した異人が栽培方法を伝えてからといわれます。もやしの栽培が、日本で広まったのは戦争の影響が大きいのです。

戦時中に戦地でのビタミン不足の対策や、市民の野菜不足対策として、農林省から栽培者には原料豆が配給されていたのです。光のない環境でも栽培できることから、潜水艦の中でも栽培されていたのです。

どんな料理にも合い栄養も豊富、価格も安価なもやしは、戦後は流通網の発達やラーメンブームの影響などもあり、大規模に栽培され、庶民の食卓に広く親しまれることとなるのです。